La provincia de León cuenta con cuatro refugios de murciélagos objeto de inventario de la Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Castilla y León para favorecer su conservación.
El más importante de la provincia es el que se encuentra en la localidad berciana de Cancela, uno de los 6 que contiene el 80% de la población de todos los murciélagos contabilizados en el periodo invernal en la comunidad, 9.734 ejemplares de 7 especies, siendo las más abundantes, dado su carácter gregario, el murciélago de cueva con 5.428 individuos y el murciélago grande de herradura, con 2.532 individuos, lo que suponen el 56% y el 26%, respectivamente del total contabilizado. El resto de los más importantes son dos túneles en La Fregeneda (Salamanca), una cueva en Ramacastañas y el monasterio de Guisando (Ávila) y una cueva en Cornejo (Burgos).
Durante el periodo reproductor se contabilizaron 36.434 de 12 especies, siendo las más abundantes el murciélago de cueva con 13.778 individuos, el grupo de los murciélagos ratonero grande y mediano con 6.520 individuos y el murciélago grande de herradura con 3.970 individuos, que, en conjunto, representan el 67% del total de la población censada en época reproductora.
En el caso de las colonias de cría, son en torno a una decena de refugios que rondan o superan el millar de individuos. En León el más importante se encuentra en los túneles de la presa de Villagatón, si bien cuenta con menos de 200 individuos.
Entre los años 2020 y 2023 la Junta de Castilla y León ha visitado 172 refugios para realizar censos precisos y sistemáticos de colonias de quirópteros. Este año se han contabilizado 9.734 ejemplares durante el periodo invernal y 36.434 durante la época de cría en 65 refugios visitados. La cueva de Castañarejo, en Ávila, y los túneles de la Fregeneda, en Salamanca, son los principales refugios para estas especies en Castilla y León. Los datos recabados permitirán una mejora del conocimiento de la situación de las poblaciones de las distintas especies de murciélagos cavernícolas amenazados en Castilla y León.