Corría el año 2004 cuando las obras arrancaban oficialmente. Tras la etapa de sondeos previos en el terreno, todo parecía estar listo para acometer esta ambiciosa infraestructura que uniría León y Asturias ahorrando un importante tiempo en el viaje. En febrero de 2004 los entonces ministros de Economía, Rodrigo Rato, y de Fomento, Francisco Álvarez-Cascos, presidían el acto de inicio de las obras con la colocación de la primera dovela. En esos momentos las obras se cifraban en 1.990 millones de euros y la idea era que estuviese finalizada en 2009, cinco años después del inicio de las obras. Con la llegada de Rodríguez Zapatero al Gobierno fueron varias las ocasiones en las que éste y sus ministros de Fomento, Magdalena Álvarez y José Blanco, visitaron las obras. En septiembre de 2008 Rodríguez Zapatero visitaba la vertiente asturiana de las obras con motivo del cale del primero de los dos túneles bajo el macizo montañoso, y eludía dar cualquier tipo de fecha para su finalización. Dos años después, visitaba León y afirmaba que la inauguración de la Variante de Pajares tendría lugar en 2012.
Un nuevo cambio de Gobierno, esta vez con el PP de Mariano Rajoy, retomaba las obras y con ellas los plazos. Era septiembre de 2012 cuando Ana Pastor, titular de Fomento, apuntaba a 2014 como meta para terminar los trabajos. No fue así. En 2014 aventuraba que la esperada finalización de los trabajos se materializase en 2015 «si no hay problemas técnicos». En julio de 2015 Pastor visitaba las obras en la localidad de La Pola de Gordón y matizaba que esperaban que la obra civil de la Variante de Pajares pudiese estar lista a lo largo de ese año.
Íñigo de la Serna tomó el testigo de Ana Pastor al frente del Ministerio de Fomento. Con motivo de un desayuno de trabajo en Gijón, De la Serna anunciaba en abril de 2018 que el Gobierno había mejorado los plazos iniciales para la finalización de las obras de la Variante Ferroviaria de Pajares, anunciando que las obras finalizarán en el verano de 2020.
El nuevo cambio de Gobierno, ahora con el socialista Pedro Sánchez, también supuso el cambio del titular Fomento, cargo que ostenta actualmente José Luis Ábalos. Esta misma semana se reunía con el presidente de la Junta de Castilla y León, Juan Vicente Herrera, y tras el encuentro Ábalos mantenía que el compromiso para la Variante de Pajares es concluir las obras en 2020.
Últimas inversiones
En la recta final de las obras, llegan las últimas y decisivas inversiones. El proyecto de Ley de Presupuestos Generales del Estado (PGE) para 2019, recoge una importante inyección económica para la Variante de Pajares a la que, en concreto, se destinarán 42,93 millones. Esta misma semana Adif hacía pública la aprobación de obras en el tramo Sotiello-Campomanes, en la vertiente asturiana de la Variante de Pajares. Las obras, que se están ejecutando en la actualidad, están destinadas a contener una rotura del terreno en el desmonte con el fin de evitar que se vea afectado uno de los apoyos de la línea eléctrica de Red Eléctrica Española (REE) con un presupuesto total de 3.208.003,61 euros.Actualmente se trabaja con el objetivo de optimizar los tráficos de alta velocidad y mercancías en la Variante de Pajares,de tal manera que la configuración de vías de la Variante sirva para prestar el mejor servicio a ciudadanos, empresas y operadoras ferroviarias. La idea es poner en servicio los dos túneles de base simultáneamente, con una configuración de ancho mixto, ancho estándar o UIC más ancho ibérico, en la vía Este y ancho ibérico (1.668 mm) con traviesa polivalente en la vía Oeste en una primera fase.